Pues me parece una muy buena pregunta, Will, yo tampoco me había planteado el porqué de esa dicotomía. Estás en lo cierto, la conjugación es la misma pese a que nos suene raro.
A mí me fascina como tú conocer la etimología de las palabras. El caso es que la etimología semántica es más difícil de trazar por eso de que es difícil que cristalice en medios contrastables (es decir, es más fácil demostrar que sapere se escribía con p que no que se utilizaba con X o Y sentido, porque para eso se requerirían análisis profundos en contextos desarrollados; para la primera cosa, basta con leerlo en una lápida antigua, no sé si me explico), pero he indagado un poco y he dado con un dato bastante curioso.
El Diccionario Enciclopédico del Catalán aporta la siguiente información:
saber
[s. XII; del ll. sapĕre 'tenir, trobar gust; entendre-hi, tenir intel·ligència'; de referir-se al sentit del gust passà translatíciament a designar la capacitat de discernir, de tenir seny i, finalment, de conèixer coses]Del latín sapĕre "tener, encontrar gusto; entender en; tener inteligencia"; de referirse al sentido del gusto pasó translaticiamente a designar la capacidad de discernir, de tener conocimiento (madurez), y finalmente, a conocer cosas.
Translaticiamente quiere decir esto:
traslaticio, cia.
(De translaticio).
1. adj. Se dice del sentido en que se usa un vocablo para que signifique o denote algo distinto de lo que con él se expresa cuando se emplea en su acepción primitiva o más propia y corriente.Es decir, que saber, originalmente, significaba tener gusto a. De ahí deriva sapor (sabor); mientras que sabiduría viene de saber, sapiencia deriva de sapientia:
s. XIV; del ll. sapientia,
Dos siglos más tarde ya existía la dicotomía entre ambos sentidos. La verdad es que me ha parecido muy curioso todo esto, Will. Anda, no te cortes y abre el hilo, será muy guay.
Para una investigación más extensiva de la etimología castellana, catalana y por extensión románica, está (entre otros) el Diccionario Etimológico de Joan Coromines, unos 8 volúmenes con explicaciones hiperdetalladas de cada vocablo. La próxima vez que me pase por una biblioteca universitaria lo consultaré.